Το όνομα του βρέθηκε σε έγγραφα του FBI σχετικά με την υπόθεση διαφθοράς που ερευνούν οι εισαγγελείς διαφθοράς με την φαρμακευτική εταιρεία Novartis και ειδικότερα τους χρηματισμούς πολιτικών-κυβερνητικών προσώπων, διοικητών δημοσίων νοσοκομείων, ιατρών και δημοσιογράφων-εκδοτών εφημερίδων κλπ., στην Ελλάδα.
Με καταθέσεις μαρτύρων, και την συνδρομή του FBI, τον Φεβρουάριο του 2018 το όνομα του Αντώνη Σαμαρά περιλαμβανόταν στη δικογραφία για την Υπόθεση Novartis διαφθοράς που έφτασε στο Υπουργείο Δικαιοσύνης μαζί με τα ονόματα και άλλων εννέα Ελλήνων πολιτικών και πρώην πρωθυπουργών.
Η υπόθεση αφορούσε δωροδοκίες με υψηλά ποσά που παραδίδονταν είτε στο Μέγαρο Μαξίμου είτε στο υπουργείο Υγείας.
Σύμφωνα με καταθέσεις προστατευόμενου μάρτυρα, ο Σαμαράς φερόταν να είχε προσωπικές επαφές ως πρωθυπουργός με τον τότε αντιπρόεδρο της Novartis Κωνσταντίνο Φρουζή και να λάμβανε μεγάλα ποσά για να ευνοήσει την φαρμακευτική εταιρία στις συναλλαγές της με το Δημόσιο.
Novartis FBI 3 corruption GR Bribes f. PM A SAMARAS name mentioned 33 _w...-compressed (2)
Ο τ. Πρωθυπουργός Αντώνης Σαμαράς αρνήθηκε τις κατηγορίες και την οποιαδήποτε εμπλοκή του με την Novartis σχετικά με τους χρηματισμούς που έλαβαν χώρα στην Ελλάδα.
Ο τ. Πρωθυπουργός Αντώνης Σαμαράς αναφερόμενος στους Εισαγγελείς, Δικαστές και κυβερνητικούς που ενεπλάκησαν με την υπόθεση Novartis δήλωσε ότι πρόκειται για Συμμορία.